Organik bitkisel üretim,  kontrol ve sertifikasyon kuruluşları  ile sözleşme yapılmak suretiyle bu kuruluşların kontrolünde gerçekleştirilir. 

Organik bitkisel üretim yapacak olan müteşebbis, kontrol ve sertifikasyon kuruluşu ile sözleşme yaptıktan sonra geçiş sürecine alınır. Geçiş süreci, tek yıllık bitkiler ile mera ve yem bitkilerinde iki yıl, çok yıllık bitkilerde üç yıldır. Bu sürecin belirlenmesinde, tek yıllık bitkiler için ekim tarihi, çok yıllık bitkiler için de hasat tarihi göz önüne alınır.

Kontrol ve sertifikasyon kuruluşu veya kontrol kuruluşu; arazinin önceki yıllardaki kullanım durumu, yapılan uygulamalar, bölgedeki genel durum ve yetiştirilen ürünler, risk durumları, konu ile ilgili müteşebbis kayıtları ve raporlarının incelenmesi neticesinde geçiş sürecini uzatabilir ya da kısaltabilir.

Bir işletmede, organik tarım metodu ile üretilen ürün ile aynı tür ve çeşitten olan ya da bu ürünlerden kolaylıkla ayırt edilemeyen konvansiyonel ürünler, bazı istisnai durumlar dışında, bir arada üretilemez. Bu istisnai durumlara, ilgili organik tarım mevzuatlarında  yer verilmiştir.

Çoğaltım materyali (Tohum, fidan, fide v.b); genetik olarak yapısı değiştirilmemiş, döllenmiş hücre çekirdeği içindeki DNA dizilimine dışarıdan müdahale edilmemiş olmalıdır. Tohumluk; sentetik pestisitler, radyasyon veya mikrodalga ile muamele görmemiş biyolojik özellikte ve bu Yönetmelik hükümlerine uygun olarak üretilmiş olmalıdır. 

10 Ağustos 2010 tarih ve 27676 Sayılı Resmi Gazetede yayımlanan Organik Tarımın Esasları ve Uygulamasına İlişkin  Yönetmeliğin Ek-1 ve Ek-2 bölümündeki Gübre ve Toprak İyileştiriciler ile Bitki Koruma Maddeleri  başlıkları altında yer alan maddelerin kullanımına izin verilir.